Gene Ontology

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Das Bioinformatik-Projekt „Gene Ontology“ wurde entwickelt, um das komplexe, sich stets weiter entwickelnde Wissen über die Funktion und den Einfluss von Genen durch moderne computergestützte Anwendungen zu verbessern. Im Rahmen dieses Vorhaben wurden Ontologien entwickelt, mit denen sich über 40 000 unterschiedliche biologische Konzepte beschreiben lassen, die fortlaufend dem aktuellen Wissensstand angepasst werden.[1]

Das Gene Ontology Projekt repräsentiert aktuell die umfassendeste Datenbank für computerbasiertes Wissen in Bezug auf die Funktion von Genen. Diese Wissensdatenbank besteht im Wesentlichen aus zwei Bestandteilen. Zum einen wird die logische Struktur der biologischen Funktionen, die sogenannten „terms“, sowie die Beziehungen zwischen diesen unter der Bezeichnung „Gen-Ontologie“ beschrieben und zum anderen werden unter dem Begriff „GO annotations“ Genprodukte zu spezifischen Ontologiebegriffen zugeordnet. Zusammengefasst wird versucht ein umfassendes Modell biologischer Systeme zu schaffen und die biomedizinische Forschung zu unterstützen. Die Gene Ontology annotations werden vor allem genutzt, um großflächige molekularbiologische Untersuchungen interpretieren zu können, zum Beispiel bei der Messung großer Molekularkonzentrationen, bei denen die Interpretation der Veränderungen durch das Erkennen von relevanten Gengruppen erleichtert wird. Durch die Verbindung mit anderen biomedizinischen Ontologien bildet die Gene Ontology Datenbank eine Basis für die bio-medizinische Informatik und der wissenschaftlichen Forschung.[2]

Die Beschreibung der biologischen Funktion von Genen kann mit Hilfe der Genontologie dargestellt werden. Die jeweiligen Konzepte beziehen sich hierbei auf die chemische Aktion von Genprodukten. Genprodukte sind Makromoleküle, wie zum Beispiel Proteine oder nicht-kodierende Ribonukleinsäuren. Gene sind für die Kodierung von Genprodukten verantwortlich und können daher als Ursprung der Aktivitäten und Prozesse bezeichnet werden. Zu beachten ist jedoch, dass bei der Gen-Ontologie der Begriff „Genfunktion“ synonym zum „korrekteren“ Begriff Genproduktfunktion verwendet wird. Denkbare Genfunktionen werden durch „GO annotations“ erfasst.[3]

Einzelnachweis

  1. Gene Ontology. Abgerufen von http://www.geneontology.org/page/about am 01.04.2018
  2. Gene Ontology. Introduction to the GO resource. Abgerufen von http://www.geneontology.org/page/introduction-go-resource am 01.04.2018
  3. Thomas, P. D. (2017). The Gene Ontology and the Meaning of Biological Function. In C. Dessimoz & N. Škunca, The gene ontology handbook (S. 14-24). New York, NY: Humana Press [u.a.]