DbSNP

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Herkunft und Erscheinungsjahr

Die dbSNP (Single Nucleotide Polymorphism Database) ist die weltweit größte Datenbank, die vom NCBI im Jahre 1999 unter dem Projekt „Suite of Genomic Resources“ herausgegeben wurde.

Verwendungszweck

In der dbSNP werden Nukleotidsequenzen und deren Polymorphismus beschrieben und wird von Mikrobiologen und Molekulargenetikern verwendet.

Aktuelle Version

Die Version wird in sogenannte „Builds“ eingeteilt. Derzeit befindet sich die dbSNP auf den Build 151 (b151).


Internationale und nationale Verwendung

dbSNP ist eine international anerkannte Datenbank und wird für polymorphe Streichungen, Unterscheidungen Einfügungen und Mikropaare mit weniger als 50 Basenpaaren verwendet. Sie wird vom NCBI vertrieben und hauptsächlich in den USA genutzt.

Aufbau (mit Beispielen)

Die SNP-ID ist für jede Position und Länge der DNA-Änderung einzigartig. Um eine Variation zu spezifizieren, muss das Ursprungs-Allel und der SNP-Kode enthalten sein. Zum Beispiel beschreibt der Kode: „rs2071569“ ein Polymorphismus in dem Nukleotid des Chromosoms „X:154031524“ im Gen „MECP2“. Die ursprüngliche Anordnung der Basen war G/A/C und die von dbSNP angegebene veränderte Struktur gibt einen Polymorphismus an, der die Anordnung auf A/C/G ändert.

Lizenzkosten

Einzelnachweis